Việc khởi tố được tiến hành trong quá trình điều tra mở rộng vụ án Đinh Ngọc Hệ, Bùi Văn Nga và đồng phạm, về tội vi phạm các quy định về quản lý đất đai theo khoản 3 Điều 229 và tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản theo khoản 3 Điều 174 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Trước đó, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã quyết định thi hành kỷ luật đối với ông Nguyễn Văn Hiến bằng hình thức xóa tư cách nguyên Tư lệnh Quân chủng Hải quân, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng do đã có những vi phạm, khuyết điểm rất nghiêm trọng trong thời gian giữ chức vụ Tư lệnh Quân chủng Hải quân.
Bộ Chính trị đã quyết định thi hành kỷ luật đối với ông Nguyễn Văn Hiến bằng hình thức cách các chức vụ: Ủy viên Đảng ủy Quân sự Trung ương nhiệm kỳ 2005-2010; Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005-2010 (gồm Phó Bí thư Đảng ủy, Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy và Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005-2010).
Trong thời gian giữ cương vị Phó Bí thư Đảng ủy, Tư lệnh Quân chủng Hải quân, ông Nguyễn Văn Hiến chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng của Ban Thường vụ Đảng ủy Quân chủng Hải quân trong triển khai, tổ chức thực hiện nghị quyết của cơ quan này về công tác quản lý, sử dụng đất quốc phòng do Quân chủng Hải quân quản lý.
Ông Nguyễn Văn Hiến cũng chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Quân chủng Hải quân và trách nhiệm cá nhân về vi phạm, khuyết điểm như: Thực hiện không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định pháp luật về quản lý, sử dụng đất đai, đầu tư xây dựng đối với 10 khu đất quốc phòng; vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc của Đảng ủy Quân chủng Hải quân, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu trách nhiệm kiểm tra, giám sát trong công tác quản lý, sử dụng các khu đất quốc phòng…
Các cơ quan chức năng đã xem xét, xác định vi phạm, khuyết điểm của ông Nguyễn Văn Hiến là rất nghiêm trọng, làm thiệt hại lớn về tiền, tài sản của Nhà nước và Quân đội, để một số cán bộ, đảng viên trong Quân chủng Hải quân bị khởi tố, điều tra và xử lý hình sự, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức Đảng, Quân đội và cá nhân ông Nguyễn Văn Hiến.
